Доростолска митрополия е сред първите древнопросияли епархии в българските земи, бидейки формирана около 390 г. Тя е основана върху пролятата мъченическа кръв на 12 светци-мъченици понесли мъченическа смърт през ІV в. сл. Хр. – св. Дасий /20 ноември 303 г./, св. Максим, св. Дада, Св. Квинтилиан, св. Юлий, св.Валентиниан, св. Пасикрат, св. Маркиан, св. Никандър, св. Калиник, св. Исихий /при големите гонения на Диоклетиан през 304 г./ и св. Емилиан, изгорен на 18 юли 362 г. Първият епископ на града Авксентий е ученик и последовател на св. Вулфила и е регистриран като такъв през 390 г. През 5-6 в. епископи на Дуросторум са Яков, Монофил, Йоан и Дулцисим, участвали на Вселенски събори. През 7 в. с идването на славяните и прабългарите епархията временно е закрита, а мощите на мъчениците Дасий, Максим, Дада и Квинтилиан са пренесени в Константинопол. През 2003 г. част от мощите на св. Дасий отново се върнаха в Силистра и бяха поставени в катедралния храм. Там се съхраняват и част от мощите на св. Кирил Аксиополски, понесъл мъченическа смърт през 304 г.
След покръстването на българите през 865 г. Дръстър е една от първите епархии на българската православна църква. През 870 г. в града е регистрирана катедрата на епископ Николай, а на брега на р. Дунав, върху лобното място на св. Емилиан, е издигната епископска базилика и епископска резиденция. През 927 г. дръстърският епископ Дамян е обявен за пръв български патриарх, канонично признат от останалите поместни православни църкви.
След падането на Североизточна България под византийска власт през 971 г. Дръстър става епископска катедра, след 1020 г. е под скиптъра на Охридския архиепископ. След средата на 11 в. дръстърският епископ Леонтий е ръкоположен за митрополит и преминава под юрисдикцията на Константинополския патриарх. Негови наследници са митрополитите Христофор и Лъв Хрисианит - известен писател и богослов.
След освобождението на България от византийска власт при Асеневци Дръстър е митрополитска катедра на Търновската патриаршия. Запазени са имената на 6 нейни владици от 14 в.: Кирил, Аверкий, Теодул, Йосиф, Дионисий, Калиник и Захарий.
След турското нашествие в края на 14 в. Дръстър-Силистра става митрополия към Константинополската патриаршия. Нейният предстоятел Калист участва на Флорентинския събор през 1439 г.. От 15 до 19 в. Доростолска /Силистренска/ митрополия е сред водещите епархии на Вселенската църква, а нейните предстоятели през 17-18 в. получават екзархийски права над цялото Подунавие, Влахия и Молдова. През 1871 г. Доростолска епархия е обединена с Червенска. На петия Църковно-народен събор на БПЦ, на 17 декември 2001 г. епархията е канонично възстановена. На 12 октомври 2003 г. Светият Синод на БПЦ канонически избра и провъзгласи Негово Преосвещенство Траянополския епископ Иларион за Доростолски митрополит - приемник на митрополитския престол на възстановената и древнопросияла Доростолска епархия.
На 28 октомври 2009 г. митрополит Иларион, след кратко боледуване и лечение във Военноморска болница, се преставя в Господа. На 30 октомври, след отслужването на св. Литургия от Русенския митрополит Неофит, тленните останки на о Бозе почившия първи архипастир на древнопросиялата и възстановена Доростолска епархия са спуснати в гробница в двора на катедралния храм, при чието изкопаване са намерени и останки от погребение на неизвестен до момента йерарх.
На 17 януари 2010 г. при епархийския избор за Доростолски митрополит е избран Браницкият епископ Амвросий, който на 24 януари е и канонично утвърден за Доростолски митрополит. На 30 януари 2010 г. митрополит Амвросий е въдворен на престола на Доростолска епархия.