По време на ректорството на архим. Панарет, по-късно еп. Брегалнишки (1923-29) семинарията се сдобива с настоящата си сграда (бивш френски колеж). Тогава се разширява и двора на училището и се освещава параклис, посветен на патрона му светите братя Кирил и Методий.

Сега в част от семинарската сграда е самостоятелно обособен храм "Св. св. Кирил и Методий", в който се извършват ежедневни утренни и вечерни богослужения, задължителни за всички ученици. В празнични и неделни дни храмът към Семинарията е отворен и за външни посещения. Характерни са богослужбите с автентични източно-църковни песнопения.